D'abord positionné en milieu de terrain offensif, Habib Bamogo a éclaté lors de la saison 2003-04. Auteur de 23 buts en 98 rencontres sous le maillot héraultais, il a notamment inscrit 16 buts en Championnat lors de son ultime saison au club en 2003-04, ce qui lui permit de signer à l'Olympique de Marseille. Ces 16 réalisations faisaient de lui le meilleur buteur pailladin en Championnat lors d'une même saison de L1 jusqu'à ce qu'Olivier Giroud ne lui subtilise ce record en 2011-12 (21 buts).